商会的最高权力机构为会员代表大会，理事会是会员代表大会的执行机构。

理事会下设秘书处、专业委员会和专家（专业）工作组，分别负责开展商会日常事务工作、专业领域工作。

秘书处是理事会的办事机构，为商会各层次的活动提供支持与服务。秘书处负责人为秘书长。

各专业委员会是理事会的分支机构，为理事会提供咨询。当前围绕投资与资产管理、资源与产权交易服务、园区管理服务、资信和供应链管理服务，拟设4个专业委员会：

       1.投资和贸易委员会。工作领域：关税、非关税措施、投资、标准一致化、海关程序、知识产权、竞争政策、政府和企业采购、放宽管制、原产地规则、争端调解、商务人员流动、信息收集和分析等。

       下属机构：市场准入组、投资专家组、标准一致化分委会、海关程序分委会、知识产权专家组、政府和企业采购专家组、争端调解专家组、竞争与放宽管制工作组、商务人员流动专家组、原产地规则工作组、项目信息组等。

       2.园区经济委员会。负责研究、分析境外经贸合作区区域的经济问题及发展趋势，撰写区域年度经济展望专题报告。（主体由高校和科研机构组成）

       3.外经贸合作指导委员会。负责理事会协调、管理外经贸合作活动，审议各项活动的进展情况，确定有价值的合作倡议；遵循相互尊重、互利互助、协商一致的原则，与各成员充分协商；为强化、精简工作提供政策管理知识等。（主体由政府部门、行业商协会组成）

       4.风险管理委员会。就有关重大项目预算、行政和管理等问题向理事会提出意见。评估预算结构并提出建议，审议项目申请，草拟年度预算报告，审查预算及预算过程有关的所有问题，研究和解决重大项目进程中的其他风险问题。（主体由会计师事务所和律师事务所组成）

        目前，理事会下暂时未设置代表机构和其他实体机构。